L’objectif et les perspectives scientifiques de l’observatoire, visent d’une part à l’acquisition de connaissances sur la zone de Bahia Exploradores et de son aire d’influence et d’autre part à contribuer à l’aide à la décision en matière de conservation et de développement durable dans un contexte de mutation territoriale en articulation étroite avec les acteurs institutionnels nationaux et le tissu socio-économique local (industrie, tourisme, éleveurs), dans le cadre d’une démarche intégrée. Il vise à alimenter une planification à long terme permettant de coordonner et développer une exploitation durable de la zone capable d'intégrer les acteurs à  différentes échelles d'analyses : Université-Etat-privé, du local au global. Cette approche propose d’encourager les projets de recherche, la conservation, l'éducation à l’environnement ainsi que la production et la pérennisation des connaissances.